肠道是人体最大和最重要的微生态系统，是激活和维持肠道生理功能的关键因素，同时与感染、肝病、消化道疾病、肿瘤、糖尿病、肥胖、自闭症、阿尔茨海默病、高血压的发生发展等密切相关，肠道微生态为各类相关疾病，甚至是肿瘤免疫治疗提供诊断工具与治疗策略。
高通量宏基因测序技术应用研究发现，肠道内可能栖息着种类更多的细菌，其总生物量接近于～菌落形成单位（CFU），总重量超过1.5kg，这些细菌给每个人平均约增加了60万个基因。正常情况下，人体选择性地让某些微生物定植于肠道，幷为其提供适宜的栖息环境和营养；而这些微生物及其代谢产物在人体内发挥生物屏障功能，参与免疫系统成熟和免疫应答的调节，并对机体内多种生理代谢起着重要作用。人体肠道内有益菌种种类和数量的多少，在一定程度上可以反映出人体的健康状态。
当机体受到年龄、环境、饮食、疾病及用药等因素影响时，就会引起肠道微生态失衡，又称为肠道菌群失衡。
近年来，微生态调节剂在调节肠道微生态，改善各种疾病等方面取得了可喜的进展。
1幽门螺杆菌（Hp）相关性胃炎
Hp感染是慢性胃炎的主要病因。研究发现，一些益生菌可以通过调节胃内菌群，产生抗Hp物质，调节免疫系统、抑制炎症通路、竞争黏膜粘附、增强胃黏膜屏障机制来抑制Hp生长。由于单用益生菌进行抗Hp治疗的根除率较低，目前益生菌主要被推荐用于Hp根除的辅助治疗。
2非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）和代谢性疾病
研究表明，肠道益生菌辅助治疗NAFLD可改善肝脏酶谱和血脂，减轻胰岛素抵抗和炎症水平。
宏基因组分析提示，T2DM的发生发展也与肠道菌群失调有关。肠道菌群失调也会加重T2DM患者的肥胖、β细胞功能障碍、代谢性内毒素血症和全身炎症。益生菌能通过调节肠道菌群的平衡，改善肥胖及代谢相关的指标缓解全身慢性炎症反应。
3肝硬化
肝硬化有诸多并发症，如内毒素血症、自发性细菌性腹膜炎、上消化道出血、肝性脑病、肝肾综合征、肝癌等。肝硬化并发症可独立于病因出现并加重。肝硬化患者存在肠道微生态失衡及肠道细菌代谢等改变，通过“肠-肝轴”，肝硬化并发症的发生发展与肠道微生态失衡、肠道定植力下降，肠道细菌易位等密切有关。肠道微生态失衡在肝病重型化方面起加速器作用。这为微生态调节剂干预肝病重症化及肝硬化并发症防治提供科学依据。
3.1微生态制剂在肝硬化肠源性内毒素血症中的应用
对肝硬化肠源性内毒素血症患者，推荐使用含双歧杆菌、乳酸杆菌及肠球菌等制剂作为辅助治疗。
3.2微生态制剂在肝硬化自发性细菌性腹膜炎中的应用
对肝硬化自发性细菌性腹膜炎的预防及治疗，推荐使用枯草芽孢杆菌、双歧杆菌、乳酸杆菌、酪酸梭菌等作为辅助治疗。
3.3微生态制剂在肝硬化性脑病中的应用
对肝硬化性脑病患者，推荐推荐使用酪酸梭菌、双歧杆菌、乳酸杆菌等作为辅助治疗。
4肝衰竭于肝移植
4.1肝衰竭
慢加急性肝衰竭（ACLF）肠道微生物存在显著的失衡，对失衡的肠道微生态进行干预是治疗ACLF的一个重要的靶点。调节肠道微生态，改善肠道微生态失衡，改善内毒素血症，有望在预防及延缓ACLF的进展中起辅助治疗作用，以期降低ACLF的病死率。
4.2肝移植
肝移植围手术期应用微生态制剂对减少肝移植术后感染等并发症有益，对减少移植后排异，促进恢复有明显的益处。
5胆道疾病
5.1胆石症于肠道微生态
研究表明，胆石症患者肠道菌群中变形菌门较正常人显著增多，而粪杆菌属、毛螺菌属和罗斯氏菌属则显著减少；胆石症患者肠道中约70%的细菌操作分类单位可在胆道中检出（正常人约40%），并且胆道细菌多样性明显高于肠道。
5.2胆囊切除后综合征
肠道微生态改变与胆囊切除后综合征的关系并未得到确认，而且微生态调节剂治疗胆囊切除后综合征的研究较为少见。
6抗生素相关性腹泻（AAD）
目前治疗AAD的益生菌主要包括双歧杆菌、乳酸杆菌、酵母菌、链球菌、肠球菌等。鼠李糖乳酸杆菌预防AAD发生的有效性和耐受性最好，干酪乳酸杆菌降低难梭菌感染（CDI）具有更好的疗效和中等耐受性，且组合菌株并不优于单一菌株。
益生菌的作用具有菌株特异性和剂量依耐性。
荟萃分析和临床试验表明，益生菌能有效降低AAD的发病率，推荐使用益生菌预防和治疗AAD。
7肠易激综合征（IBS）
益生菌可作为IBS治疗的手段之一，但应根据患者的具体病情，选择合适的益生菌制剂，幷需要进一步的多中心临床依据验证。
8炎症性肠病（IBD）
粪菌移植移植（FMT）在治疗IBD治疗中前景广阔，但仍需更多高质量的研究以证实其疗效、安全性以及可操作性。
9结直肠癌（CRC）
益生菌、益生元、合生素等微生态制剂在大肠癌中的价值逐步得到认可。
肠道微生物在癌症治疗中也具有重要作用。
10胃肠道黏膜微生态屏障功能障碍及衰竭的微生态综合治疗
10.1胃肠道黏膜微生态屏障功能障碍及衰竭的诊断要点
凡符合“急性胃肠道黏膜病变、应激性溃疡出血、腹胀及肠鸣音减弱、中毒性肠麻痹、非结石性胆囊炎或坏死性小肠结肠炎”五项之一，即可诊断胃肠道功能障碍（GID）。
10.2胃肠道黏膜微生态屏障功能障碍及衰竭的营养及微生态治疗治
胃肠道黏膜微生态屏障功能障碍及衰竭的营养及微生态治疗原则：（1）严格把握禁食指征，尽可能采用场内营养（EN）和/或经口营养补充(ONS)。（2）场内营养在初期的主要目的是维护和恢复胃肠道功能和肠道微生态，而不以满足机体营养需要为核心目标，此时机体的营养需要可通过肠外营养（PN）途径予以补充。（3）肠内营养资料以渐进式、分阶段、交叉推进为原则。（4）大剂量微生态调节剂冲击治疗，以预防肠黏膜屏障功能受损，促进肠道微生态恢复。（5）添加益生元和合生元制剂可促进肠道微生态功能恢复。（6）肠内营养配方中添加适量的谷氨酰胺可促进肠黏膜结构和功能的恢复。
11人H7N9高致病性禽流感病毒感染及-nCoV感染的微生态干预
由于病毒感染及抗生素应用，H7N9感染患者肠道微生态失衡，肠道微生物多样性下降，肠型不稳定，补充枯草芽孢杆菌及屎肠球菌可以减少继发细菌感染。国家卫健委发布的《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》建议COVID-19患者使用肠道微生态调节剂，维持肠道微生态平衡，预防继发细菌感染。
12FMT在微生态失衡中的应用
FMT是指将健康者粪便菌群移植至患者肠道中，重建肠道微生态平衡，以治疗特定肠道及肠道外疾病。目前FMT明确的适应证是：复发性难辨梭状芽胞杆菌感染（CDI），FMT可治疗炎症性肠病、肠易激综合征、慢性疲劳综合征、肥胖症、T2DM、顽固性便秘、原发性硬化性胆管炎、肝性脑病、自闭症等胃肠道和非胃肠道相关疾病。